Ozon terapi otuzun üstünde yöntemle uygulanabilir. Bunları öncelikle Sistemik ( genel, tüm sistemlere etki eden) ve Lokal ( bölgesel, tek bir alana yönelik) olarak ikiye ayırabiliriz.

Sistemik uygulamalar üç başlık halinde incelenir.

1-Majör otohemoterapi(MAH): Hastadan özel bir vakumlu kan şişesine bir çay bardağı kadar kan alınır. Aynı miktarda ozon kapalı sistemde bu kana eklenir ve ozonlanmış kan hastaya geri verilir. İşlem yaklaşık 15 dakika kadar sürer. Haftada 1-2 kez,  10-12 seans planlanır. Kişiye göre doz planlaması yapılır.

2- Rektal İnsüflasyon: Etkinliği MAH ile eşdeğerdir. Damar yolu bulmakta güçlük çekilen kişilerde kullanılabildiği gibi bazı bağırsak hastalıklarında özel olarak tercih edilir. Ozon gazının özel bir tüp yardımıyla direk bağırsağa verilmesi prensibiyle yapılır. Haftada 1-2 kez, 10-12 seans uygulanır.

3- Minör otohemoterapi (MİH): Ozona dayanıklı bir enjektör içine alınan 10 ml ozon gazının 2-3 cc hastadan alınan kanla karıştırılıp kas içine uygulanmasıdır. Tek başına nadir durumlarda kullanılır. MAH veya Rektal İnsüflasyonda tamamlayıcı olarak uygulanır.

Lokal uygulamalar:

1-Düşük basınçlı ozon gazı uygulaması. Lokal olarak sınırlı yaralarda bölgeye alt atmosferik basınçta ve bir emme kabı içinde ozon gazı püskürtülmesi şeklinde uygulanır.

2- Ozona dirençli plastik kaplarda trans cutaneous ozon imersiyonu ( Ozon torbalama) Toplardamar ülserleri ve geniş alana yayılan aşırı enfekte olmuş yaralarda (özellikle diyabetik yaralarda) kullanılan bir tedavi yöntemidir.

3- Ozonlu Su ile yara yıkanması

4- Ozonlanmış zeytinyağı uygulaması: Özellikle mantar ve bakteri öldürücü etkisinden yaralanılarak deri dezenfeksiyonu/ onarımında kullanılır

5- Selülüt ve deri çatlaklarında ozon gazı mezoterapisi